附录 B · 生信技能工具箱
装好 DSH、按 4-2 节 装技能后，下面这些就是你以后能直接喊名字用的工具。
用法：在会话里直接说「用 技能名 做 XXX」，AI 就会去调用。
#🧬 单细胞 / 转录组
| 技能 | 干什么 | 典型一句话 |
|---|---|---|
scanpy | 单细胞标准流程（QC→聚类→UMAP→差异表达） | 「用 scanpy 处理这批 10x 数据」 |
anndata | .h5ad 数据格式的读写与合并 | 「把这两个 h5ad 合并成一个大对象」 |
scvi-tools | 深度学习的批次校正、整合、差异表达 | 「用 scVI 做批次校正后再看 UMAP」 |
scvelo | RNA 速率 / 轨迹推断 | 「估计细胞状态转换方向」 |
bulk-rnaseq | bulk RNA-seq 全流程（QC→比对→定量→差异） | 「从 FASTQ 一路做到 counts 矩阵」 |
pydeseq2 | 差异表达分析（DESeq2 的 Python 版） | 「做两组差异表达，出火山图」 |
pathway-enrichment | GO/KEGG/GSVA 富集分析与作图 | 「差异基因做 KEGG 富集并画气泡图」 |
cellxgene-census | 查公共单细胞图谱（人群规模） | 「看看这个基因在肺组织里哪些细胞高表达」 |
#🧫 基因组 / 序列
| 技能 | 干什么 | 典型一句话 |
|---|---|---|
biopython | 序列读写、比对、系统发育、NCBI 批量下载 | 「批量下载这批基因的序列并比对」 |
pysam | SAM/BAM/CRAM、VCF 读写与统计 | 「统计这个 BAM 的覆盖度并画图」 |
polars-bio | 超快的区间运算（BED/VCF/GFF） | 「求这批 peak 和基因的重叠区域」 |
genomic-coordinates | 坐标换算（0/1-based、BED/GFF/VCF） | 「帮我把这个区间在 BED 和 VCF 之间转换」 |
gget | 20+ 数据库快速查询（基因信息、BLAST、AlphaFold） | 「查这个基因的功能注释和结构」 |
bioservices | 跨数据库统一接口（UniProt/KEGG/ChEMBL） | 「把这批基因 ID 批量映射到 UniProt」 |
phylogenetics | MAFFT 比对 + IQ-TREE 建树 + 可视化 | 「给这 50 条序列建进化树」 |
etetoolkit | 树的编辑、比较与出版级渲染 | 「把这棵树画成发表级图」 |
onekgpd | 1000 Genomes 个体级查询 | 「查这个变异在 1000G 里的携带者」 |
tiledbvcf | 大规模 VCF 存储与并行查询 | 「把几万个样本的 VCF 建成可查库」 |
#🧪 蛋白 / 药物 / 分子
| 技能 | 干什么 |
|---|---|
rdkit / datamol / molfeat / medchem | 化学信息学：分子描述符、指纹、相似性、成药性筛选 |
diffdock | 蛋白-小分子对接（结合pose预测） |
molecular-dynamics | OpenMM/MDAnalysis 分子动力学模拟 |
esm | ESM3/ESMC 蛋白质语言模型 |
tamarind / rowan / adaptyv | 云端蛋白设计、对接、结合亲和力预测 |
deepchem / torchdrug / pytdc | 分子机器学习与基准数据集 |
glycoengineering | 糖基化位点扫描与工程改造 |
#📊 通用分析 / 统计 / 可视化
| 技能 | 干什么 |
|---|---|
statistical-analysis | 检验选择、假设检查、效应量、APA 格式报告 |
experimental-design | 实验设计、随机化、区组、样本量 |
statistical-power | 功效分析与样本量估算（写基金/伦理必需） |
exploratory-data-analysis | 数据概览、缺失/异常值审计 |
scientific-visualization | 出版级图表（配色对色盲友好、多面板排版） |
scientific-schematics | 机制图/流程图/通路图 |
pymc / statsmodels / scikit-learn | 贝叶斯建模 / 统计模型 / 机器学习 |
polars / dask / vaex | 大数据表格处理（超内存也能算） |
zarr-python | 云上大数组存储 |
#🔁 流程与平台
| 技能 | 干什么 |
|---|---|
nextflow | Nextflow / nf-core 流程（本地 / HPC / 云） |
snakemake 类流程技能 | 流程编排 |
dnanexus-integration / latchbio-integration / modal | 云端生信平台与按需 GPU |
optimize-for-gpu | 把 NumPy/pandas 代码 GPU 加速 |
omero-integration / benchling-integration / labarchive-integration / protocolsio-integration | 实验室数据与 ELN 系统对接 |
imaging-data-commons / histolab / pathml / pydicom | 病理与医学影像 |
#📚 文献与写作
| 技能 | 干什么 |
|---|---|
literature-review | 多数据库系统性文献综述（产出 Markdown/PDF） |
deep-research | 13 个智能体的深度研究流水线 |
paper-lookup | 11 个学术 API 检索（PubMed/arXiv/OpenAlex…） |
citation-management | DOI→BibTeX、引用准确性核查 |
pyzotero | 用代码读写你的 Zotero 库 |
academic-paper | 论文写作 12 智能体流水线（含格式转换、引用核查） |
academic-pipeline | 从研究到定稿的总调度 |
academic-paper-reviewer | 5 席评审团模拟审稿 |
scientific-writing / peer-review / venue-templates | 写作、审稿、期刊模板 |
docx / pptx / xlsx / pdf / latex-posters | 输出 Word / PPT / Excel / PDF / 海报 |
📌 重要：这些技能不一定会全部自动出现 —— 取决于你装了几个技能仓库。装完可以在会话里问： 「请列出我现在可用的所有技能，按类别整理」—— 它会把实际技能目录给你看。