🧬DSH 科研工具手册
Zotero × DSH Desktop × 生物信息学
📚 第 1 部分 · 共 7 部分

① Zotero 插件

把文献管起来:中文文献、笔记、引用、进度、影响因子 · 本部分 11 小节

Zotero 是管文献的工具:存 PDF、记笔记、自动生成参考文献。 下面每个插件解决一个具体痛点,先装 ⭐ 的,其他按需再装。

1. Jasminum 茉莉花 — 中文文献

中文文献必备。没有它,知网条目只能一条条手动录。

能力说明
📥 知网数据抓取添加中文 PDF/CAJ 时自动抓引用次数、作者、年份
👤 姓名拆分/合并把"张三"规范成 姓=张、名=三
🏷️ 自动拉知网元数据⚠️ 默认关闭,要去设置里打开;按文件名匹配,文件名必须含中文,纯英文名无效
🔄 译者信息更新定期更新中文 translators 库

建议顺序:先装茉莉花 → 打开"自动拉取知网元数据" → 再用 Linter 清洗字段。

2. Zotero Style — 论文进度可视化

配套 emoji 网站(复制 emoji 用):https://www.emojiall.com/en/copy#google_vignette · https://emojipedia.org/

设置评级/标签的 5 步(照做):

步骤点哪里
1点击 评级
2点击 列设置
3选喜欢的图案和颜色
4保存
5选中论文 → 应用设置

💡 建议把「进度 / 评级 / 标签」摆成三列并排,扫一眼就知道今天该读哪篇。

3. Zotcard — 卡片笔记模板

固定字段记笔记:研究问题 / 方法 / 数据 / 结论 / 可复用点 / 我的质疑。几十篇笔记结构一致,后面写综述才好对比。

4. Better Notes — 笔记中枢

把"阅读时的零散高亮"变成"结构化、能导出、能复用"的笔记。可导出 Markdown / Word / PDF / 思维导图(配合 Zotcard 一键转脑图)。

两种笔记,分工完全不同(重要):

类型挂在哪回答什么问题
条目笔记挂在某篇文献下面「这篇论文讲了什么」
独立笔记不挂文献,像主题本子「这个方向我怎么理解、怎么串起来」

🧠 只写条目笔记 = 一堆剪报;只写独立笔记 = 无法溯源。两个都要写。

5. zotero-reference — 一键抓参考文献

  1. 打开论文,右侧栏自动列出这篇引用的所有文献
  2. 单击某条 → 直接看摘要,判断值不值得读
  3. 点 ➕ → 加入 Zotero,并自动关联到当前论文

效果:边读边织一张"文献网",顺着引用往下走。

6. scite — 判断论文靠不靠谱

自动统计这篇论文被后续研究支持支持 / 反驳 / 提及的次数和原句。

写综述时用它区分:「被反复验证的结论」vs「已经被推翻的结论」。

7. Sci-Hub — 英文全文

按 DOI 自动下载 PDF。

⚠️ 合规和可用性因地区/机构而异。优先走学校图书馆订阅、arXiv/bioRxiv 预印本、Unpaywall,这个插件当最后兜底。

8. Actions & Tags — 快捷键打标签

快捷键速查:

快捷键标签含义
Ctrl+Shift+@📖正在读
Ctrl+Shift+!✅已读
Ctrl+Shift+#❌不需要读
Ctrl+Shift+~😀对当前的我有用
Ctrl+Shift+$🚀未来可以做
Ctrl+Shift+Backspace—移除当前所有标签

配置模板(已修好缩进,可直接导入;原笔记那版缩进错了,导入会失败):

yaml
# tags_templates.yml
type: ActionsTagsBackup
author: mapengsen
platformVersion: 7.0.3
pluginVersion: 2.0.0
timestamp: '2024-09-03T13:27:07.522Z'
actions:

  1725368316262-n32ukLqm:            # 移除当前所有标签
    event: 0
    operation: 4
    data: >-
      // Remove tags from parent items
      // @author Yang1824, windingwind
      // @link https://github.com/windingwind/zotero-actions-tags/discussions/127
      // @usage Shortcut

      if (!item) return;

      let parentItem = Zotero.Items.getTopLevel([item])[0];

      parentItem.getTags().map((tag) => tag.tag).forEach((tag) =>
      { parentItem.removeTag(tag) })
    shortcut: Shift,Ctrl,Backspace
    enabled: true
    menu: ''
    name: 移除当前所有标签
    showInMenu:
      item: false
      collection: false
      tools: false
      reader: false
      readerAnnotation: false

  1725369688225-n32ukLqm:            # 未来可以做
    event: 0
    operation: 1
    data: 🚀
    shortcut: Shift,Ctrl,$
    enabled: true
    menu: ''
    name: 未来可以做
    showInMenu:
      item: false
      collection: false
      tools: false
      reader: false
      readerAnnotation: false

  1725367249413-n32ukLqm:            # 对当前的我有用
    event: 0
    operation: 1
    data: 😀
    shortcut: Shift,Ctrl,~
    enabled: true
    menu: ''
    name: 对当前的我有用
    showInMenu:
      item: false
      collection: false
      tools: false
      reader: false
      readerAnnotation: false

  1725366893716-n32ukLqm:            # 不需要读
    event: 0
    operation: 1
    data: ❌
    shortcut: Shift,Ctrl,#
    enabled: true
    menu: ''
    name: 不需要读
    showInMenu:
      item: false
      collection: false
      tools: false
      reader: false
      readerAnnotation: false

  1725367048305-n32ukLqm:            # 正在读
    event: 0
    operation: 1
    data: 📖
    shortcut: Shift,Ctrl,@
    enabled: true
    menu: ''
    name: 正在读
    showInMenu:
      item: false
      collection: false
      tools: false
      reader: false
      readerAnnotation: false

  1725365699457-n32ukLqm:            # 已读
    event: 0
    operation: 1
    data: ✅
    shortcut: Shift,Ctrl,!
    enabled: true
    menu: ''
    name: 已读
    showInMenu:
      item: false
      collection: false
      tools: false
      reader: false
      readerAnnotation: false

9. Linter for Zotero — 元数据自动清洗

#能力
1标题修改工具栏
2加重复文献时自动检查
3期刊全名 → 自动转标准缩写
4按 DOI 自动补日期、卷、期、页码
5按标题自动判断条目语言
6批量统一条目展示样式

10. Green Frog — 影响因子与分区

自动写入:JCR 分区、中科院分区(基础版/升级版)、影响因子 / 5 年影响因子、EI、预警名单;中文期刊还会补 CSCD、北大核心、南大核心、科技核心。

11. 补充推荐插件(我替你挑的)

⭐ = 装了基本不会卸;按「先补管道 → 再补体验 → 最后补智能」排序。

#🧱 基础设施(建议先装这三个)

插件干什么用的下载
⭐ Zotero Add-on Market插件商店:在 Zotero 里搜索、一键安装和更新,不用手动拖文件https://github.com/syt2/zotero-addons
⭐ Better BibTeX固定引用键(citekey),一键导出 .bib 给 LaTeX / Overleaf / Word 用https://github.com/retorquere/zotero-better-bibtex
⭐ Attanger 或 ZotMoov附件自动重命名 + 自动归档到指定文件夹,附件永不"丢失"https://github.com/MuiseDestiny/zotero-attanger · https://github.com/wileyyugioh/zotmoov

Better BibTeX 为什么重要:写论文时的引用键一旦变了,全文 \cite{} 全废。它保证引用键永远不动。

#👀 阅读体验

插件用途下载
⭐ Translate for Zotero划词翻译 + 双语对照,支持 DeepL/Google/自备 AI 接口https://github.com/windingwind/zotero-pdf-translate
⭐ PDF2zh整篇 PDF 双语重排,版式和图表都保留,长文精读神器https://github.com/guaguastandup/zotero-pdf2zh
Zotero OCR扫描版 PDF 做 OCR,之后才能检索/翻译/高亮https://github.com/UB-Mannheim/zotero-ocr
Night for Zotero夜间模式https://github.com/windingwind/zotero-night
Zotero PDF Preview列表里直接预览 PDF 首页https://github.com/windingwind/zotero-pdf-preview
Zotero Reading List未读/在读/已读完 三态管理阅读队列https://github.com/Dominic-DallOsto/zotero-reading-list

#🧹 数据整理

插件用途下载
⭐ Zotero Storage Scanner找出孤立附件/缺失附件,给硬盘瘦身https://github.com/retorquere/zotero-storage-scanner
Zotero Duplicates Merger批量合并重复条目https://github.com/frangoud/ZoteroDuplicatesMerger
Journal Abbr批量抓期刊标准缩写https://github.com/redleafnew/zotero-journalabbr
Zotero DOI Manager校验/补全 DOI,专治脏数据https://github.com/bwiernik/zotero-shortdoi
Zotero Citation Counts自动拉引用次数https://github.com/eschnett/zotero-citationcounts

#🔍 研究洞察

插件用途下载
⭐ Zotero Cita把引用/被引/共引画成关系图,一眼看到领域枢纽论文和空白点https://github.com/MuiseDestiny/zotero-cita
Zotero GPT在 Zotero 里直接问 AI(需自备接口)https://github.com/MuiseDestiny/zotero-gpt
mdnotes高亮/笔记导出 Markdown,喂给写作工作目录https://github.com/argenos/zotero-mdnotes

按预算选组合:

档位装这些效果
🥉 基础Add-on Market + Better BibTeX + Attanger + Translate装得上、引得出、附件不乱、看得懂
🥈 主力+茉莉花 + Better Notes + Linter + Green Frog + PDF2zh + Storage Scanner中英文通吃、笔记结构化、数据干净
🥇 全栈+Zotero Cita + scite + mdnotes能看领域结构,笔记能直接进写作流程